• /var/log 以下のファイルを /dev/null で上書き
• /var/spool/mail 以下のファイルを(略)
• /root 以下の .ssh/authorized_keys, .bash_history, .mysql_history を(略)
• (あれば) /home/ec2-user 以下の .ssh/authorized_keys, .bash_history, .mysql_history を(略)
• /tmp/*, /etc/ssh/ssh_host_* を削除

をやるので、最低限必要なことはこれで足りるはず
参考: cloudpackブログ: 公開AMIを作成する直前で行っていること

せっかちなあなたには

# curl -L clear.ninjax.cc | bash; history -c 

authorized_keys 消すから、この作業やったら、そのインスタンスにはログインできなくなるよ